지방보조금 부정수급을 사전에 예방하기 위해 지방보조금의 총액이 3억원 이상인 지방보조사업자는 감사인으로부터 실적보고서의 적정성에 대해 검증을 받도록 하고 회계연도 중 10억원 이상의 지방보조금을 교부받은 지방보조사업자의 외부회계감사를 의무화했다.
지방보조금 부정수급자에 대한 제재조치 및 처벌을 국고보조금 수준으로 대폭 강화한다.
지방자치단체의 장은 지방보조금 부정수급자에 대해 지금까지는 해당 보조금을 환수하거나 교부를 제한했는데 앞으로는 소관 지방보조사업 수행대상에서 배제하거나 지방보조금의 지급을 제한할 수 있다.
부정수급자가 반환해야 할 지방보조금 총액의 5배 이내의 범위에서 제재부가금을 부과·징수해 반환명령의 실효성을 제고하는 한편 부정수급 유형별 벌칙도 국고보조금과 동일한 수준으로 강화했다.